يسعى المركز لتحقيق أهدافه من خلال تنفيذ البرامج التالية :

1.     برامج دعم ابحاث التقنية الحيوية:

ويوفر المركز الدعم المالي لمشاريع بحثية متميزة في مجال التكنولوجيا الحيوية عن طريق تخصيص مبلغ  30 مليون ريال سعودي وهو ما يمثل 66 ٪ من أموالها العامة. ويوفر المركز أيضا دعما للباحثين من خلال تزويدهم بالامكانيات المتطورة لمختبر التكنولوجيا الحيوية واستقطاب وتدريب الفنيين والباحثين لتشغيل النظم الرئيسية. المركز حاليا في عملية إنشاء قاعدة بيانات لتكون مرتبطة بموقعها على شبكة الانترنت والتي من شأنها أن تشمل الباحثين ومشاريع البحوث الجارية والاعمال التي نشرت في مجال التكنولوجيا الحيوية في المملكة العربية السعودية.

2.    برامج لجذب العلماء البارزين:

يسعى المركز إلى استقطاب العلماء البارزين من خلال المعاهد البحثية واكادميات البحوث للعمل كمستشارين. والمركز حاليا يسعى لمواصلة نشاط التعاون البحثي مع بعض العلماء الدوليين البارزين.

3.     برنامج التعاون الدولي البحثي:

يسعى المركز إلى بناء علاقات تعاون مع المراكز الدولية لبحوث التكنولوجيا الحيوية. وقد وقعت بالفعل اتفاقات التعاون المشترك في مجال البحوث مع عدد من المراكز الإقليمية والدولية.

4.     برنامج لتنمية التعليم والتدريب في مجال التقنية الحيوية:

ويعمل المركز بالتعاون مع إدارات الجامعة من أجل تطوير برامج ماجستير ودكتوراه في مجال التكنولوجيا الحيوية في المملكة العربية السعودية. كما تنظم الاجتماعات والمؤتمرات وورش العمل، وتدعو العلماء الدوليين والمحليين للمشاركة فيها. ويسعى المركز أيضا إلى رفع مستوى الأداء المهني لأعضاء هيئة التدريس والباحثين في مجال التكنولوجيا الحيوية من خلال إنشاء معاهد الصيف تهدف إلى تعزيز التواصل العلمي بين الباحثين وطلاب الدراسات العليا من خلال التعاون مع المراكز الدولية.

5.     برنامج لتعزيز الشراكة بين المركز والقطاعات المختلفة:

يسعى المركز لتقديم لكل من القطاعين العام والخاص الدعم الكامل من أجل نقل التكنولوجيا الحيوية للمملكة العربية السعودية.

6.     برنامج لنشر المعرفة بالتكنولوجيا الحيوية بالمجتمع:

يسعى المركز إلى إنشاء وحدة المعلومات والعلاقات العامة من أجل نشر المعرفة في مجال التكنولوجيا الحيوية. ويتم ذلك من خلال تنظيم المحاضرات العامة ونشر المقالات و النشرات والكتيبات وما شبه ذلك و يسعى المركز أيضا إلى المشاركة في الأنشطة ذات الصلة والمناسبات.